Kerajaan Malaysia melalui Lembaga Hasil Dalam Negeri (LHDN) memfailkan saman terhadap Shafee pada 6 Mei 2021 dengan menamakan beliau sebagai defendan bagi tunggakan cukai itu selama lima tahun. Berdasarkan dokumen diperoleh media, Shafee berkenaan mempunyai tunggakan cukai tahun taksiran RM621,291.85 (2011), RM978,854.11 (2012), RM3,581,500.000 (2013), RM1,735,124.03 (2014) dan RM1,826,557.87 (2016).[34][35]

Pada 27 September 2021, LHDN memohon supaya kes saman terhadap Shafee diputuskan melalui penghakiman terus iaitu mahkamah memutuskan kes melalui afidavit dan hujahan tanpa mendengar keterangan saksi dalam perbicaraan.[36][37]

Pada 3 November 2021, Shafee memfailkan permohonan untuk menggantung prosiding kes saman itu sementara menunggu pelupusan rayuannya di Pesuruhjaya Khas Cukai Pendapatan Malaysia, antara lain atas alasan wujud keadaan istimewa untuk menggantung prosiding berkenaan.[38][39]

Pada 26 Januari 2022, LHDN memohon Mahkamah Tinggi di Kuala Lumpur menolak permohonan Shafee untuk menggantung prosiding kes saman itu, atas alasan peguam itu (Shafee) sememangnya berniat untuk melengah-lengahkan tuntutan saman berkenaan.[40][41][42]